違法な配転命令だとしても、配転命令に応じない場合、会社は、従前の業務での出勤を認めないことがあります。
労働法の原則は、ノーワーク・ノーペイです。すなわち、欠勤すると、働いていないので、給与が発生しません。
ですが、欠勤の理由が違法な配転命令の場合には、会社側の都合で欠勤が生じていると考えられます。労働者からすると、働きたいのに、会社側のせいで働けない状態であるといえます。
そこで、違法な配転命令が原因で欠勤が続いている場合、会社に対して、給与を請求し得ます（平成２８年１月１５日福井地方裁判所判決判例時報２３０６号１２７頁参照）。
但し、法的に請求し得るとしても、実際に支払われるとは限りません。交渉しても、会社が任意の支払に応じないこともあります。任意の支払に応じなければ、労働審判や訴訟（裁判）等の法的な手続によって支払いを求める必要があります。つまり、実際に支払われるまで、相当程度の時間や労力を要する場合があります。
また、「配置転換（配転）に納得できない場合拒否しても良いの？」でも書かせていただいたように、配転を拒否することには、給与の支払が止まる可能性があること以外にも、解雇のリスク等も伴います。
明らかに違法な配転命令もあれば、法的に判断が分かれ得る配転命令もあります。
違法な配転によって給与の支払が止まった場合には法的に給与の支払を請求し得るとしても、実際に配転命令に応じるか、応じないかは、慎重に判断する必要があります。
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